মাদরাসার বিজ্ঞান বিভাগের ছাত্রদের নতুন নতুন উদ্ভাবনী প্রকল্প তৈরীতে উৎসাহ প্রদান করা হয়। এ প্রকল্পগুলো নিয়ে সরকারিভাবে আয়োজিত বিজ্ঞান মেলায় অংশ গ্রহণের ব্যবস্থা করা হয়। ছাত্রদের প্রকল্প বাস্তবায়নে প্রয়োজনীয় সকল ধরণের সহযোগিতার ব্যবস্থা করা হয়। প্রতি বছর মাদ্রাসার ছাত্রদের নিয়ে আভ্যন্তরীন বিজ্ঞান মেলারও আয়োজন করা হয়।