মাদরাসার ছাত্র-শিক্ষকদের প্রত্যহিক নামাজের জন্য প্রতিটি ৫৫ও৩৫ ফুট মেঝে ও ৩ তলা বিশিষ্ট একটি মসজিদ রয়েছে। যেখানে একসঙ্গে ৭০০ জন মুসল্লী একজামাতে নামাজ আদায় করতে পারে। এই মসজিদের পেছনে ১১৭ও৯০ ফুটের অত্যাধুনিক নির্মান শৈলী ও শৈল্পিক কারুকার্য খচিত একটি মসজিদ নির্মিত হচ্ছে। যেখানে একসঙ্গে ৩০০০ এর বেশী মুসল্লী একসাথে একজামাতে নামাজ আদায় করতে পারবেন। এই মসজিদ কমপ্লেক্সে লাইব্রেরী এবং গবেষণাগারও থাকবে। মসজিদটিতে একটি সু-উচ্চ ও দৃষ্টিনন্দন মিনার স্থাপন কা হচ্ছে যা নির্মাণের শেষ পর্যায়ে রয়েছে।